Het Kooikerhondje is een oud Nederlands ras. Op schilderijen van schilders uit de 17de eeuw zoals van Jan Steen zijn vaak hondjes te zien, die veel lijken op een kooikerhondje. Ook in de 18de en 19de eeuw zijn op familieportretten vaak kooikerhondjes te zien.
Geschiedenisschrijver Pieter Hooft schreef in zijn Nederlandsche Historiën dat in 1572 het leven van Willem van Oranje gered is, doordat een kooikerhondje aan zijn legertent bij Hermigny krabde. Van Oranje is daardoor wakker geworden en ontsnapte zo aan Spaanse overvallers.
De geschiedenis van het kooikerhondje als werkhond in de eendenkooien is al eeuwen oud. Doordat het aantal eendenkooien aan het begin van de 20e eeuw daalde, dreigde het kooikerhondje te verdwijnen. Mevrouw M.C.S. Baronesse van Hardenbroek van Ammerstol heeft in de jaren ‘50 veel gedaan om het bijna uitgestorven ras te behouden en weer op te bouwen.
Sinds 1966 is het kooikerhondje weer officieel een ras.